PES 2012 su 3DS arriverà un po' più tardi del previsto, ma Konami promette di fare valere l'attesa. A differenza del concorrente FIFA, infatti, il gioco calcistico per 3DS avrà un supporto online.
Sarà possibile giocare partite 1 vs 1 in Wi-Fi mentre il sistema StreetPass consentirà ai giocatori di scambiarsi dati della Master League e di affrontare avversari controllati dalla CPU e basati sui dati scaricati.