È stato annunciato che BioShock Infinite includerà una modalità 1999, che chiederà ai giocatori di pensare alle proprie decisioni, oltre a fornire loro una maggiore complessità in termini di armi, potenza e gestione della salute. Tra le varie modifiche della nuova modalità, ci saranno regole più severe per il respawning, con giocatori che vedranno materializzarsi un Game Over sullo schermo qualora non avessero le risorse per essere riportati in vita.
Ken Levine, direttore creativo di Irrational Games ha dichiarato: "Vogliamo dare ai nostri fan di vecchia data e più impegnati la possibilità di tornare alle nostre radici. Con il "1999 Mode", i giocatori dovranno affrontare le conseguenze delle loro decisioni nel gameplay. In BioShock Infinite, i giocatori dovranno sudarsi i risultati delle loro azioni. Inoltre, la modalità 1999 chiederà ai giocatori di scegliersi delle specializzazioni, e di concentrarsi su di esse."
I giocatori, dunque, dovranno prendere delle decisioni durante il gioco che influenzeranno in maniera significativa il gioco. Anche nei precedenti Bioshock vi erano delle scelte, ma queste sembravano avere una minima influenza nel gameplay. Con la modalità 1999 le cose sembrano essere destinate a cambiare.