Quando è stata annunciata la Ninja Gaiden: Master Collection i mesi scorsi, molti fan si sono domandati perché Ninja Gaiden Black e Ninja Gaiden II non fossero inclusi. La scelta di includere le versioni Sigma dei giochi e non gli originali era sembrata un po' inverosimile all'inizio, ma ora potrebbe esserci una spiegazione dietro la loro inclusione.
In un recente articolo di Famitsu, il brand manager del Team Ninja Fumihiko Yasuda ha dichiarato: "Sono consapevole che ci sono pro e contro", ha detto Yasuda. "Per me personalmente, {Ninja Gaiden II} è stato il mio debutto, e quindi ne ho un profondo sentimento. Ma c'è un altro motivo per questa scelta. Ad essere onesti, ci sono solo frammenti dei dati che rimangono. Non siamo riusciti a recuperarli. Tuttavia, durante lo sviluppo di Sigma Plus e Sigma Plus 2 [per PlayStation Vita], abbiamo raccolto tutti i dati di questo tipo insieme che potevamo e li abbiamo organizzati. Perché usiamo utilizzare questo è il motivo per cui abbiamo scelto Sigma".
Sembra quindi che la Master Collection avrebbe potuto essere un prodotto molto diverso se fossero stati recuperati più dati dagli originali.