Il Nintendo 3DS non sarebbe adatto ai più piccoli, secondo quando indicato dalla CNN.
Secondo il sito internet giapponese di Nintendo, infatti, i bambini sotto i sei anni potrebbero farsi male agli occhi giocando con la prima console stereoscopica della storia, a patto che si tenga acceso l'effetto 3D. I genitori preoccupati potranno sempre disattivare il 3D, e proteggere la funzione con una password in modo tale che i bambini più discoli non la riattivino di nascosto.
Altre compagnie al lavoro sul 3D hanno rilasciato avvertimenti simili, e lo stesso Nintendo Virtual Boy (l'ultimo tentativo della casa di Kyoto di realizzare una console stereoscopica) era uscita con un avviso simile.